СВЯТО­ТРОИЦКИЙ Макариево-Унженский монастырь был основан преподобным Макарием Унженским и Желтоводским в 1439 году на правом берегу реки Унжи в 20 верстах вниз по течению от одноименного города (ныне - село Унжа Макарьевского района Костромской области).
Преподобный Макарий родился в Нижнем Новгороде в 1349 году в купеческой семье. Еще в юности приняв иноческий постриг в нижегородском Вознесенском Печерском мужском монастыре, он впоследствии основал Богоявленскую обитель на северной границе Нижегородского княжества, при реке Лух, и Троицкий Желтоводский монастырь на Волге (именовавшийся так по расположенному вблизи обители озеру Желтые Воды). В 1439 году Улу Мухамед, властитель Казанского ханства (одного из "осколков" Золотой Орды), выступил в поход на Москву, захватив Нижний Новгород и разорив Троицкую обитель. Преподобный Макарий вынужден был покинуть желтовод­ские пределы и, уйдя на север, основал на горе в унженских лесах монастырь во Имя Святой Троицы. По молитве преподобного у подножия горы возник святой источник; в 1442 году при совершении утреннего правила святому старцу явилась чудотворная икона Божией Матери - поставленная им в келье и впоследствии названная Макарьевской. 25 июля (по старому стилю) 1444 года в возрасте 95 лет преподобный Макарий мирно преставился ко Господу. Его прославление в лике всероссийски чтимых святых состоялось в 1619 году.
Монастырь, основанный преподобным Макарием, с течением лет расширялся и благоустраивался. Особое покровительство, которое оказывали обители первый государь из дома Романовых царь Михаил Феодорович (вместе со своей матерью великой инокиней Марфой Иоанновной дважды - в 1612 и 1619 годах - совершавший сюда паломнические поездки) и его преемники, привело к тому, что в XVII веке небольшой монастырь на Унже стал одной из известнейших российских обителей и даже именовался иногда "лаврой преподобного Макария". В 1664-1670 годах здесь был возведен каменный Троицкий собор. В 1670-1674 годах над местом погребения преподобного Макария построили каменную Макарьевскую церковь, при этом состоялось обретение святых мощей унженского старца. Позднее в обители были воздвигнуты еще три каменных храма - Благовещенский (в 1680 году), Никольский над Святыми вратами (в 1685 году) и Успенский (в 1735 году). В 1675-1682 годах монастырем управлял игумен Митрофан, в 1682 году ставший первым епископом Воронежским и прославленный Церковью в лике святых. Чтимыми святынями обители являлись мощи преподобного Макария и чудотворная Макарьевская икона Божией Матери - список с образа Царицы Небесной, явившегося подвижнику в 1442 году. Эта икона чудесно сохранилась невредимой в огне пожаров 1626 и 1690 годов и прославилась многими благодатными знамениями.
В 1778 году из подмонастырской слободы и находившегося рядом села Коврово был образован город, получивший название Макарьев и ставший с 1797 года центром Макарьевского уезда Костромской губернии. В 1802-1880 годах в стенах обители располагалось Макарьевское Духовное училище. В 1854 году Свято­Троицкий Макариево­Унженский мужской монастырь был возведен в ранг первоклассного (в Костромской епархии к тому времени в первом классе числился только Свято­Троицкий Ипатьевский мужской монастырь). Во время Первой мировой войны в стенах обители располагался лазарет для раненых воинов.
Гонения ХХ столетия разрушили иноческую жизнь древней макарьевской святыни. Монастырь в 1919 году закрыли, братию выселили; однако богослужения в храмах обители продолжались - их совершали бывшие монастырские насельники, оставшиеся в городе. В 1926 году был упразднен первый из храмов обители, Никольская церковь, где разместился "клуб физкультуры", а в декабре 1929 года состоялось окончательное закрытие монастыря. При этом святые мощи преподобного Макария были кощунственно вскрыты и переданы в краеведческий музей, а в стенах обители разместились машинно­тракторная станция и склады зерна; чудотворная Макарьевская икона Божией Матери бесследно исчезла.
Возрождение обители преподобного Макария началось в девяностых годах ХХ века. 14 мая 1990 года святые мощи унженского старца, сохранившиеся в запасниках краеведческого музея г. Юрьевца Ивановской области, были возвращены Костромской епархии и перенесены в Кострому, в Воскресенский собор на Нижней Дебре, а затем - в приходскую церковь г. Макарьева. 16 июля 1993 года решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви Макариево­Унженский монастырь возобновлен как женский. В январе 1994 года монастырские здания были полностью возвращены епархии, и уже 7 августа 1994 года - в день памяти преподобного Макария - архиепископ Костромской и Галичский Александр совершил освящение первого возрожденного храма обители, Макарьевской церкви. В 1995 году в монастырь вернулась и его главная святыня, мощи преподобного Макария Унженского и Желтоводского, вновь пребывающие сейчас в Макарьевском храме.
В 1999 году Костромская епархия торжественно отметила 555­летие преставления ко Господу преподобного Макария; центром юбилейного празднования стал Макариево­Унженский монастырь. В послании по случаю знаменательного юбилея архиепископ Костромской и Галичский Александр указывал: "История свидетельствует, что этому месту по молитвам преподобного сопутствовало особое Божие благословение. Свято­Троицкий Макариево­Унженский монастырь стал со временем великой обителью, одной из первых по значению в России после Троице­Сергиевой Лавры... Времена воинствующего безбожия исказили облик обители. Многое здесь было предано разрушению. Но милость Божия не оставила сего святого места".
25 марта 2004 года решением Святейшего Патриарха и Священного Синода настоятельницей Макариево­Унженского женского монастыря назначена игумения Вера (Морева). Сейчас в обители - 10 сестер, в монастырском приюте для девочек-сирот имени святителя Митрофана Воронежского - 6 воспитанниц.